La cripta ocupa el espacio correspondiente al presbiterio y semicírculo absidal. Tras las últimas reformas, el acceso a la misma lo podéis observar en la foto inferior por delante de la breve escalinata de tres peldaños que separa la cabecera del resto de la nave. El tramo presbiterial se cubría con bóveda de cañón apuntado de la que solo podemos advertir el arranque. El muro se articula por medio de tres haces de semicolumnas que dividen el paramento en cuatro paños (foto 3, enlaces 1 a 4). Los capiteles se decoran con motivos vegetales.

La nave se componía de tres tramos, todos de diferente longitud, y se cubría con bóveda de cañón reforzada por dos arcos fajones de los que solo se mantienen en pie las semicolumnas del muro sur y sus correspondientes capiteles. De estos, el de la derecha de la imagen está muy erosionado y es practicamente imposible interpretar cuál era su decoración. Sin embargo, el de la izquierda (enlace 5 y foto inferior) nos presenta a dos arqueros que atacan a dos arpías con sus flechas. Recorre el cimacio un tallo ondulante con hojas.