La historia de cómo se ha llegado al estado ruinoso actual de San Nicolás viene de antiguo, pero el periodo más destacable lo podemos situar entre mediados del siglo XIX y las primeras décadas del XX. Como hitos reseñables en ese espacio de tiempo debemos mencionar el derrumbe de la cubierta en 1858, el traslado de la portada norte a la cercana iglesia de San Juan de Rabanera en 1908 y la demolición de los muros norte y este en 1933 que, por contra, permitió descubrir la cripta bajo la que se erigió la cabecera.

A partir de los años 50 del siglo pasado empieza un lento pero incesante proceso de "recuperación" que se inicia con el derrumbe de todas aquellas edficaciones modernas que rodeaban la fábrica, la declaración de Monumento Histórico Artístico Provincial en 1962, y las obras de consolidación y limpieza de la década de los setenta cuando, en la capilla del brazo meridional del transepto, salen a la luz las pinturas murales góticas sobre el martirio de Santo Tomás de Canterbury, protegidas hoy día de las inclemencias del tiempo por un panel articulado (el que se observa en la foto 1 a mano derecha de la imagen). Por último, entre 2009 y 2011 se llevaron a cabo nuevas reformas que han permitido que el interior se utilice como auditorio al aire libre (foto 1).

Estilísticamente, las ventanas del interior repiten la decoración del exterior: arcos de medio punto con una sola arquivolta decorada con fino bocel entre escocias y guardapolvos de puntas de diamante y doble friso de dientes de sierra (foto 1, enlaces 1 y 3 y foto superior). Se conservan tres de los capiteles de las cuatro semicolumnas que separan el tambor en cinco calles. Dos de ellos son vegetales (enlaces 4 y 6) y el otro (enlace 2) presenta pequeños dragones entre motivos vegetales. El único capitel que se mantiene del arco de triunfo se decora con grandes hojas de acanto (enlace 5, capitel de la izquierda).