Como os hemos explicado en el texto introductorio, la iglesia de San Miguel de Arto nos ha llegado muy transformada. Son tantas las intervenciones que ha soportado a lo largo de los siglos que los únicos restos del templo original (foto 1) se encuentran en la zona absidal. Incluso esta se ha visto alterada en gran medida y los añadidos posteriores la hacen casi desaparecer en su totalidad.
¿Qué nos queda, pues, del templo originario? Como observáis en la foto inferior, del tambor absidal original solo permanecen dos de las arcuaciones ciegas y la lesena que las separa. Probablemente el muro se dividiría en cinco arcuaciones, como las que aún podemos observar (aunque allí son 7) en la iglesia de Isún de Basa.

En el arco central se abre la ventana de doble derrame (enlaces 4 y 5) en posición algo elevada respecto al suelo. Casi con toda seguridad, ha sido siempre el único vano que permite la iluminación del interior del ábside. Los arcos ciegos del lado sur se perdieron al añadirse la torre (enlaces 1 y 2); en el lado septentrional, unas losas actúan a modo de cornisa (intervención claramente posterior, enlace 7).