Os hemos comentado que la conquista definitiva de estas tierras fue en el año 1048, pero Àger fue una zona de disputa en las décadas inmediatamente anteriores pasando de manos sarracenas a manos cristianas en sucesivas tomas por ambas partes. Al parecer, la construcción del templo se inició durante la primera ocupación del castillo por parte de Arnau Mir de Tost, en una fecha próxima a 1034, y se prolongó hasta el año 1041.
Se empezó por la zona inferior, lo que hoy en día es la cripta. Esta primera construcción es de planta basilical con tres naves rematadas a oriente con sendos ábsides semicirculares de los que solo el central se manifiesta en el exterior. Las naves parecen iglesias independientes entre sí ya que las separan gruesos muros con escasas aberturas para el paso de una a otra. Esta edificación es la que sufrió la reconquista sarracena del año 1046.
Las obras no se reemprendieron hasta una fecha cercana al año 1060, momento en el que se decide levantar una nueva edificación (fotos 2 a 8) sobre la antigua que, de este modo, se convertirá en cripta. Para sostener el pavimento de la nueva iglesia se construyeron unas columnas en la nave central de la primera, hoy desaparecidas, que debían parecerse a las todavía conservadas de Cardona i Olius. Las obras de esta segunda etapa se prolongaron hasta finales de siglo XI. Probablemente también se construyera un claustro románico, pero sus galerías desaparecieron cuando, por iniciativa del Conde de Urgell Pere I (1347-1408), se levantó el nuevo, gótico, del que sólo se mantiene parte en pie.
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