La nave actual de la iglesia (foto 1) es más alta que la original románica. Del templo primitivo solo se mantienen el ábside y la cripta, que se esconden tras el retablo barroco que se observa al fondo de la imagen. El semicírculo absidal se cubre con bóveda de cuarto de esfera y en ella se conservan las pinturas románicas, sin duda lo más interesante de la iglesia de Sant Serni.

En la predela del retablo, a mano izquierda, una pequeña puerta nos permitirá acceder a la parte posterior y poder así observar los frescos recuperados en 1976 (foto 2).

La cripta, que se construyó para salvar el desnivel del terreno, está situada debajo del ábside, aunque solo ocupa una parte de éste, ya que es de diámetro inferior. La cubierta forma una semicúpula y conserva una pequeña ventana (fotos 5/6). Parte de la pared norte es la propia roca.

La imagen románica de la Virgen con el Niño hallada en Sant Serni se encuentra en el Museu Diocesà d'Urgell y en las fotos 3 y 6 podemos observar una reproducción de la misma y ampliaciones en los enlaces.