En el interior del templo se conservan dos pilas bautismales de distinta cronología. Una primera, en forma de copa y decorada con una arquería de medio punto, es de época románica (fotos 14 a 16). Su interior es liso y la embocadura de dos niveles, el interior para apoyar la tapa. Todavía se utiliza.
La segunda pila es, quizá, más interesante que la anterior (fotos 17 a 19). Se trata de una pieza en forma de cubo que, como nos indican las notas de Ángel de los Ríos y Ríos, a finales del siglo XIX era utilizada como pila para el agua bendita. Aunque existen en la región otras pilas cuadradas de época románica, ésta de Silió sería prerrománica. En una de sus caras (foto 19) se ve una inscripción (quizás "Matei me fecit").
También de época románica es la tapa de sarcófago (foto 20) que hoy en día encontramos en el interior del templo. En su testero (enlace 1) una inscripción reza: !Aqui yase Iohan Sanches de Bustamante/ fino XI dias de Febrero año de mil cuatrocientos noventa y dos años! según transcripción del escritor Amós de Escalante (1871).