Las columnas pareadas recuerdan mucho a las de la vecina iglesia de San Pedro de Lárrede, lo que podría indicar que un mismo equipo de canteros trabajara en ambas en épocas no muy separadas entre sí, si no coincidentes. En las fotos 14 a 17 detallamos las del muro sur. Las columnas dobles (foto 16) son las que flanquean el vano de la portada. Ambos pares apean sobre pilares adosados al muro.

En el muro norte, casi simétricas a las del muro meridional, los pares de columnas apean, a su vez, sobre pilares adosados al muro (enlaces 4 a 8). En el tramo más próximo al ábside, otro pilar que descansa sobre ménsula reforzaba lo que suponemos fue la bóveda de cañón original (enlace 7).
Dejamos para el final, otro de los detalles que dotan a San Juan de su peculiar atractivo: la ventana del hastial de poniente, colocada a la misma altura que las del muro de mediodía pero con mucho más carácter. Presenta doble ajimez con tres arquillos de herradura (enlace 1).