El interior de la iglesia de San Clemente de Huidobro se halla en una situación completamente ruinosa (foto 1). Difícilmente se puede acceder a él ya que se corre el riesgo de sufrir algún accidente. A pesar de ello y con cuidado pudimos adentrarnos y realizar el reportaje fotográfico que os ofrecemos, con la esperanza de que alguna institución se ponga manos a la obra y podamos visitar el templo en mejores condiciones.
La fábrica original presentaba nave única dividida en dos tramos y cabecera con presbiterio recto. En las reformas que se realizaron en el siglo XVI se conservó el tramo occidental de la nave y se amplió el tramo previo a la cabecera con dos capillas, adquiriendo, de esta manera, la forma de cruz griega que tiene actualmente el templo.

Se accede a la cabecera a través de un arco triunfal que descansa sobre dos semicolumnas. El tramo recto del presbiterio presenta bóveda de cañón y en ambos lados se abren dos ventanas; un arco fajón de características similares al triunfal da paso al ábside de bóveda de horno y con una ventana en su eje. Dos impostas recorren la cabecera, una por encima del arco de las tres ventanas y otra siguiendo el recorrido de los cimacios (fotos 2 a 6).